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维护
超净工作台是一台较精密的电气设备，对其进行经常性的保养和维护是非常重要的。
首先要保持室内的干燥和清洁，潮湿的空气既会使制造材料锈蚀，还会影响电气电路的正常工作，潮湿空气还利于细菌、霉菌的生长。清洁的环境还可延长滤板的使用寿命。
另外，定期对设备的清洁是正常使用的重要环节。清洁应包括使用前后的例行清洁和定期的熏蒸处理。熏蒸时，应将所有缝隙完全密封。清洁应包括使用前后的例行清洁和定期的熏蒸
处理。熏蒸时，应将所有缝隙完全密封，如操作口设有可移动挡板封盖的类型超净工作台，可用塑料薄膜密封。
超净工作台的滤板和紫外杀菌灯都有标定的使用年限，应按期更换。
使用
超净工作台使用前应用紫外灯照射30～40分钟，并检查操作区周围各种可开启的门窗处于工作时位置。操作最好在操作区的中心位置进行，在设计上，这是一个较安全的区域。
在进行操作前应对实验材料有一个初步的认识，同时了解自已所使用的设备的性能及安全等级。严格执行实验室安全规程。特定病原在任何超净工作台中的使用必须进行安全性评估。
如果实验材料会对周围环境造成环境污染，就应避免在无排气滤板的型号内使用，因为在流动空气中操作与散毒无异。
任何先进的设备并不能保证实验的成功，动物检疫实验室超净工作台的使用是以无菌和避免交叉污染为目的，因此熟练的操作和明确的无菌要领是必不可少的。
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